纳税人应按照工程项目分别计算应预缴税款，分别预缴。
纳税人跨县(市、区)提供建筑服务，向建筑服务发生地主管税务机关预缴的增值税税款，可以在当期增值税应纳税额中抵减，抵减不完的，结转下期继续抵减。
纳税人以预缴税款抵减应纳税额，应以完税凭证作为合法有效凭证。
因此，建筑企业在异地提供不同项目建筑服务，需分项目预缴税款，每月正常申报增值税时，预缴税款抵减应纳税额不需要分项目抵减。
依据：
国家税务总局 关于发布《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》的公告
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- 适用核定征收土地增值税的条件？
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- 如何理解长期应付款科目?
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