总机构应将查补所得税款（包括滞纳金、罚款，下同）的50%按照本办法第十五条规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构（不包括本办法第五条规定的分支机构）缴纳，各分支机构按照分摊查补税款就地办理缴库；50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库。
具体的税款缴库程序按照 财预〔2012〕40号文件第五条等相关规定执行。
依据：
国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告
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