房地产开发企业因土地增值税清算引起的应退税款，系由于土地增值税清算当年缴纳较多的土地增值税税款，导致本年企业所得税汇算清缴出现亏损。该亏损应按规定在以前年度得到扣除，形成事实上的多缴企业所得税。
因此应给予退税。不适用三年内退税时规定。
依据：
中华人民共和国税收征收管理法
国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算涉及企业所得税退税有关问题的公告
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