从设计原理看，留抵退税对应的发票应为增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书以及解缴税款完税凭证，也就是说农产品计算抵扣、农产品核定扣除、旅客运输服务计算抵扣的部分并不在退税的范围之内，但由于退税采用公式计算，因而上述进项税额并非直接排除在留抵退税的范围之外，而是通过增加分母比重的形式进行了排除。
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