建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。 建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳。
因此，建筑企业跨地区设立工程项目部，总公司可以扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额缴纳企业所得税。
依据：
国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知
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