个人所得税综合所得在自然人电子税务局扣缴端申报的操作步骤如下：
1、人员信息采集：填写要申报的全部人员信息后，点击上方”报送”，自动获取反馈;
2、专项附加扣除信息采集：根据实际情况采集专项附加扣除信息，采集后同样需要报送并获取反馈;
3、申报：据实填写发送涉及到的所有报表;
4、税款缴纳：申报成功后，有税款的需要进行税款缴纳，没有税款的即完成申报。
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