在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。 若该企业丢失建安发票的发票联，应当按照发票管理办法及其实施细则的有关规定处理后，以重新开具的发票作为扣除的合法有效票据。
依据：
国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知
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