总机构应当依据《邮政企业分支机构增值税汇总纳税信息传递单》，汇总计算当期提供邮政服务的应纳税额，抵减分支机构提供邮政服务当期已缴纳的增值税额后，向主管税务机关申报纳税。抵减不完的，可以结转下期继续抵减。
计算公式为： 总机构当期汇总应纳税额＝当期汇总销项税额－当期汇总的允许抵扣的进项税额 总机构当期应补（退）税额＝总机构当期汇总应纳税额－分支机构当期已缴纳税额
依据：
国家税务总局关于发布《邮政企业增值税征收管理暂行办法》的公告
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