《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》规定的扣除率为销售货物的适用税率。
如果纳税人生产的货物适用税率由16%调整为13%，则其扣除率也应由16%调整为13%；如果纳税人生产的货物适用税率由10%调整为9%，则其扣除率也应由10%调整为9%。
依据：
关于深化增值税改革有关政策的公告
财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知
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