自然人税收管理扣缴客户端系统安装完成后，需要进行注册。
注册的过程大致为通过纳税人识别号从税务系统获取相应的企业信息，保存到本地扣缴客户端的过程，具体为：点击安装完成界面上的【立即体验】（或点击桌面“自然人税收管理系统扣缴客户端”快捷方式），即进入注册流程。
注册共有五步：
第一步：录入单位信息；
第二步：获取办税信息；
第三步：备案办税人员信息；
第四步：设置登录密码；
第五步：设置数据自动备份。
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